在编写分居协议时，需要注意以下问题：
首先，要明确规定双方的权利和义务，特别是在分居期间，夫妻双方不再有义务同居。
其次，协议中应清晰说明子女的抚养责任、抚养费的承担方式以及探望权的行使。
在协议中可以约定：
(一) 分居期间的财产划分。如果没有约定或无法达成一致，财产仍被视为夫妻共同财产。如果双方同意，可以规定分居期间双方不再享有家事代理权，但不能对抗善意第三人。违反协议的一方需赔偿另一方的损失。同样，可以约定分居期间一方产生的债务为个人债务，但也不能对抗善意第三人。一方违反协议需赔偿另一方的损失。
(二) 分居期限。期限通常为三个月至两年，期满后，如感情仍无法修复，可协议离婚或向法院起诉离婚。
(三) 终止分居。协议分居可根据当事人双方的协议终止，但应书面制定或经公证。尽管公证处通常不明确包括分居协议，但可以通过律师见证、邻居、同事见证或双方签字认可的方式终止，无需公证。
